Carlsberg-säätiö perustettiin 1876. Tällöin J.C. Jacobsen varmisti panimonsa tulevaisuuden siirtämällä sen omistuksen Tanskan kuninkaalliseen tiedeakatemiaan.  Siitä lähtien säätiö on toiminut Carlsberg-konsernin valvovana elimenä varmistaen,  että panimoa johdetaan innovaatioiden ja laadukkaiden tuotteiden toimiessa johtotähtinä. Konsernin tulee myös tukea perustutkimusta luonnontieteissä, yhteiskuntatieteissä ja humanistisissa tieteissä. J.C. Jacobsenilla oli kauaskantoinen visio siirtäessään yhtiönsä akatemialle.

Siihen aikaan Tanskan kuninkaallinen tiedeakatemia oli tanskalaisten huippututkijoiden kohtaamispaikka, ja se on sitä yhä. J.C. Jacobsenin päätös oli kestävä ja visionäärinen. Ajatuksena oli, että Carlsberg-säätiö kiinnittäisi juurensa tieteeseen ja siten varmistaisi laadukkaan oluenvalmistuksen myös perustajansa kuoleman jälkeen. Kun J.C. Jacobsen kuoli Rooman-matkallaan 1887, säätiö sai haltuunsa Vanhan Carlsbergin omistuksen ja johtamisen. Carlsberg-konserni on maailman ainoa panimoyhtiö, jonka omistaa kaupallinen säätiö.